¡Gracias por los consejos! Al final, opté por seguir las recomendaciones que se me han dado aquí más unos consejos de otros amigos autores, incluyendo la gran @Gemma_Herrero_Virto.
Esta fue mi respuesta:
Hola XXXXX,
Muchas gracias por contarme tu experiencia con la lectura de mi libro. Me alegra que te haya gustado.
Sé que seguramente no tienes mala intención, pero me gustaría explicarte una cosa: la página de la que te bajas mis libros no es de epubs libres, sino de epubs robados. Bajándote los libros gratis ilegalmente, me estás perjudicando (me lo estás poniendo difícil para poder seguir escribiendo en el futuro estas historias que tanto te gustan). Quizás no lo sabías, pero en Amazon mis ebooks valen aproximadamente lo mismo que dos cervezas en un bar de barrio.
Así que, la próxima, invitame a esa cerveza 
Y si no tienes, me mandas un correo y vemos la forma. Pero, por favor, no te bajes mis libros de páginas piratas. Cada vez que lo haces, muere un dálmata cachorro con espuma en la cabeza.
Con cariño.
Cristian
No sé si servirá de algo. También consideré la opción 2 de @J.V_Alfaro, pero me pareció mejor hablar que no decir nada. Me llevó unos minutos escribir el email, pero ya me queda para copiar y pegar para la próxima 
